Nguyên Hạnh tên thật là Nguyễn Văn Hạnh, sinh năm 1940 tại Sài Gòn, nhưng quê quán của cha mẹ ông ở huyện Châu Thành, tỉnh An Giang. Cha ông là ông Nguyễn Văn Hồng, một công chức trong bộ máy chính quyền thuộc địa; mẹ ông là bà Nguyễn Thị Quyên, làm nội trợ. Ông là anh cả trong gia đình và có hai người em tên Nguyễn Thị Loan và Nguyễn Thanh Liêm, về sau đều sinh sống bằng nghề nông ở quê nhà.

Do cha làm việc tại Sài Gòn nên gia đình ông cư trú tại đường Nguyễn Tấn Nghiệm (nay là đường Trần Đình Xu). Thuở nhỏ, ông theo học tại trường Tiểu học Cầu Kho, sau đó học đến lớp đệ tứ Trung học trường Nguyễn Văn Khuê. Sau đó vì hoàn cảnh gia đình, ông phải nghỉ học, theo người anh nuôi là Nguyễn Văn Quang, đi học nghề rồi giúp việc sửa xe gắn máy ở tiệm Chí Thành ở đường Cao Thắng để sinh kế.